而在战后清理战果，投降的人共计达到了112538人，在战场上还俘虏了7892人，共击毙6154人，另外在战斗中，城中的居民也伤亡了5000余人。而根据俘虏的辩认，大部份的红莲教高层人员的尸体都被确定，还有几俱尸体因为面目模糊，辩认不清，只能从服饰上判断其身份，算是疑似，还有几名混进军队的高层也被找到，再加上前几场战斗中击毙或俘虏的人，基本可以确定，红莲教高层人员包括教主、长老等在内，十之八九都被人民军击毙或俘虏，仅仅只有几人漏网，但也影响不了大局了。
同时还缴获了大量的粮食、白银、布匹、器皿等物，收获到是相丰富。但投降加俘虏，共计约12万余人，也是一个巨大的包袱，因为现在人民军一共才16000余人，而红莲教军的成分也是参差不齐，三教九流、五行八作都有，虽然大部份都是穷苦平民，但也不乏有地痞流氓、无赖游民之辈，甚致还有一些亡命之徒，江洋大盗，他们加入红莲教也是出于投机，借红莲教的势力来抬高自己的地位，而红莲教失势之后他们自然也不会陪红莲教殉葬。
但虽然是迫于人民军的强大战斗力，他们不得不随大众投降，但在战争结束之后，又有些旧态复发，而且人民军对待俘虏还比较客气，口气尽管严厉，但一般不会打骂俘虏，结果让地痞流氓、无赖游民以为人民军是软弱可欺，因此故意找茬闹事，阴阳怪气，叫走不走，叫坐不坐，横挑鼻子坚挑眼，甚致还煽动其他的俘虏一起闹事。
而大部份俘虏虽然都是穷苦平民出身，但在红莲教军里混了几个月，也都染上一些不良习气，因此被地痞流氓们一煽动，也就都有些人来疯，于是不少人也都跟着起哄，一时间闹出来的声势还不小。
不过人民军可也不是真的软弱可欺，对俘虏的态度是有因为军纪要求，但有人敢闹事可就不客气了，当时场就将一群闹得最欢、跳得最高的人击毙，一口气击毙了300余人，倒下一地的尸体，血流遍地。又抓住了500余人。这一下果然将其他的俘虏都镇住了，这才知道人民军是人狠话不多，但说杀就杀，连眼都不眨一下，于是这才都老实起来，对人民军的命令也都不敢有任何违抗。
但罗岳得知以后，也是松了一口气，不过虽然将俘虏的骚动给压下去了，但时间长了，难免又有事情，毕竟现在自己手里可用的兵实在太少了，要知道在六安州里还有近2万俘虏，看来从河南只调一个师确实是少了一点，应该再调一个师，或者几个护卫军的团过来才行。
当然俘虏只是目前罗岳遇到的一个问题，其实也并不算是太严重，因为这一次从红莲教那里缴获了大量粮食，足够俘虏吃3、4个月的，只要是再从河南调来一些人手帮忙管理，也就没有什么大问题了。但另一个问题是罗岳解决不了，就是六安州、颖州府怎么处理。
这次救灾行动，原则上是不占州城府县，因此尽管华东**在各地设立12个灾民安置营，但都并没有和当地的清廷地方官员发生冲突，当然这些地方官员也都比较知识务，没有给华东**的活动设置障碍。在有些地方，灾民安置营和地方官员还都相处得不错。
但这次为了平定红莲教作乱，人民军占领了六安州、颖州府的数座州城，虽然占领这些州城并未付出什么损失，但毕竟也是军队的一番心血，就这样供手再交还给清廷，也让人不甘心，另外这些州城的地方官员也都被红莲教军杀死，就算是想还也找不到接手的人。因此这些地方怎样处理，还需要青岛来决定。
于是罗岳一面下令，将六安州的俘虏都押到颖州府来，和这里的俘虏一起监押，同时又向西南军区下令，再调一些军队过来协助管理地亏；又一面写了一分报告，传回给青岛。
而就在三天以后，罗岳收到了青岛军委的回复，原来行政院己经决定，将安徽省划归到华东**的管辖范围之内，于是军委决定，将安徽省的防务交给中部军区管辖，毕竟西南军区的部队较少，只有两个军，守卫的又是河南这样的四战之地，因此让有三个军，并且防务压力也比较小的中部军区来接管安徽省的防务要更好一些。
不日中部军区会派遣军队过来，接交辖区的军务管理，目前仍然由罗岳指挥，首先攻占六安州、颖州府的其他地区，然后再扩展到庐州府、凤阳府等地，最后进攻安庆州，全面占领整个安徽省。
同时行政院也会派遣行政人员，接管六安州、颖州府的地方行政管理，并要求罗岳配合行政人员，对俘虏进行侦别，如果是普通平民，则释放、并组织他们成立村庄、开垦荒地等事情。因为这时洪水的高峰期也己经过去，而洪水也将逐渐退去，各地安置营的任务也将由救灾、收容灾民逐步转变成为安置灾民、成立村庄、开垦荒地、生产自助，自己自足等，并且在当地建立华东**的统治体系，因此就从这批俘虏开始。
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