皖系不抵抗，直系手中的江左和江北两省地盘很快就丢了。眼看着自家实力被快速削弱，冯国甫当时就急了。直系主力都在南原，短时间内难以调运到东面阻挡护法军，皖系却执意不听命令，一个劲的撤退。眼看着皖系快要撤到齐鲁省境内，冯国甫再也做不出了。
无奈之下，冯国甫决定再次启用段瑞泉，由他继续组阁。被请回来之后，段瑞泉命令皖系各军就地抗击护法军，伺机进行反扑。面对装备精良的皖系，措手不及的护法军被打得大败，很快又退过了龙江。
重新掌权之后，段瑞泉更加变本加厉，他第一个任命就是让他的亲信张敬尧当上了南原督军。南原一路都是直系打得，本来南原督军这个职位，应该由此路功劳最大的曹锟担任，可是段瑞泉深恨冯国甫将他免职，自然借机报复。
尽管直系诸将愤愤不平，但如今是大战期间有求于皖系，他们也只好先忍下了。为了不让战况再有什么波动，直系从南原出发，侧击刚刚撤过长江的护法军。遭到两路敌军的进攻，护法军腹背受敌不得不快速后撤。
面对护法军节节败退，已经看不到胜利希望的情况，孙文海不得不辞去军政府大元帅之职，离开粤州远走他方隐居，护法战争最终失败了。不过临走之前，孙文海却为今后的继续革命埋下了伏笔。
粤州军政府并未被真正解散，孙文海将政府机构以及护法军改编而来的粤军交给了陈炯明。孙文海认为陈炯明是老共兴会员，在思想上应该没有问题，他又是粤东人，正好适合这个位置。可是孙文海并不知道，有些人是会变得，本来忠于革命的陈炯明在掌握实权之后，思想开始慢慢向着军阀的方向蜕变。
情况的复杂程度还不止于此，原本粤东乃是两粤巡阅使陆荣廷的地盘。为了表示与国大党合作的诚意，他才主动让出粤州及周边地区，作为孙文海建立军政府的根基。可是孙文海太不地道，被迫下野之后却不将借来的地方归还，结果让陆荣廷非常不满。就在这样的情况下，桂粤内战的种子被埋下了。
不管巨石后还有多少隐患，至少内战再次平息了下去，国内进入了短暂的和平时期。尽管南方多个省份宣布取消自主，听从北域政府的命令，但是那些军阀实力尚在，北域政府也很难插手进去。
除了这些省份，直皖两系内部爆发了激烈的政治斗争，双方都力争将自己的势力安插到新占领的真空地区，抢夺胜利果实。尽管表面上双方并未开战，但实际上政治斗争更加残酷，双方已经到了完全决裂的地步。
国内战争刚刚平息，澳新利亚的战事却已经进入了白热化。在消灭了澳军三个新建民兵师以后，周建屏率军进攻堪培拉，结果这里的澳洲政府已经逃窜，让他们扑了个空。
